БУМАЖНЫй НОМЕР
![]() |
01.09.2001
Михаил Попов
Садясь
за компьютер, чтобы поработать в Excel или сходить на auto.ru, открыть
фотоальбом или потренироваться в Counter-Strike, мы редко задумываемся над тем,
что он пригоден не только для этого.
Между тем, как ни банально это звучит в две тысячи первый раз, у вас на столе (под столом) стоит штука, превосходящая вычислительной мощью те, что когда-то управляли космическими кораблями и атомными станциями (некоторыми, впрочем, управляют до сих пор). На ней можно решать совсем нешуточные задачи, которые были недоступны суперкомпьютерам прошлого. А у соседа, что за стенкой, такая же, а то и лучше, и вместе ваши ПК еще сильнее. И все мы подсознательно боимся, но и с нетерпением ожидаем, когда же появится такой компьютер, который мог бы думать почти по-настоящему.
И мы совершенно упускаем из виду, что сегодняшние персональные компьютеры способны считать задачи, которые не то что нельзя решить головой - почти невозможно проследить и осмыслить, как машина их решает. Засунул на входе данные, на выходе получил результат. В числе прочих к таким задачам относится и молекулярное моделирование - предмет, который в отличие от расчета мостов или боеголовок гораздо ближе каждому из нас. Почему? Да потому, что мы все сделаны из этих самых биомолекул. Это во-первых. А во-вторых, потому что сей предмет доступен - вернее, становится доступен - и нашим компьютерам.
Уважаемый мною аналитик как-то заметил, что лопнувший в США пузырь «дот-комов» сделал одно очень важное и полезное дело - разбудил в людях творческие способности, в основном в коммерческом приложении. Рядовые клерки стали мыслить категориями глобальной экономики, и те, у кого это получилось, смогли, и очень быстро, многого достичь.
Сделаю попытку предсказать: построение молекулярных моделей тоже станет довольно распространенным занятием. Подобно тому, как надежды на скорый подъем интернет-бизнеса породили период экономического романтизма, вычислительная биология (а заодно и химия) может принести нам новый период романтизма научного, сопровождающегося финансовым успехом практичных романтиков. Не случайно один из таковых, Уильям Гейтс третий, как-то сказал, что, начни он все сначала, занялся бы биотехнологиями. Пока (и, возможно, к счастью для биотехнологий) он этого не сделал.
Программирование живого, в отличие от компьютерного программирования, хоть уже и вышло из стен университетов и попало в цепкие руки корпораций, все еще является скорее искусством, нежели ремеслом. И здесь велик спрос на тех, кто умеет мыслить нестандартно. Потребность в людях, владеющих предметом, уже превышает предложение.
К чему я клоню? К вопросу о пользе образования. Или своего собственного, или своих детей. Ведь частенько мы покупаем компьютер не себе - детям. Чтобы не отставали от сверстников, у которых компьютер уже есть (и вообще побольше времени проводили дома, избегнув дурного влияния тех, у кого компьютера нет и кому он вряд ли понадобится).
Многие из программ, с помощью которых проводятся модельные опыты, доступны бесплатно или - условно бесплатно, с ними можно ознакомиться самостоятельно. Нужно лишь желание да английский, давно уже ставший универсальным языком в науке. А начать можно с самого наглядного - с программ, посвященных презентации молекул на экране.
Swiss PDB Viewer во многих отношениях - уникальнй проект. Начатая Николасом Гуексом, эта программа визуализации белковых структур постепенно обросла функциональностью и стала одним из самых универсальных инструментов, с помощью которого можно не только эффективно работать, но и учиться (см., например, великолепный курс «Молекулярное моделирование для начинающих» профессора Гейла Родеса. Что немаловажно, Swiss PDB Viewer - бесплатная программа, автор лишь просит упомянуть ее при публикации научных работ. Скачать ее можно с www.expasy.ch/spdbv. Среди полезных черт Swiss PDB Viewer - возможность строить сцены для рендеринга в известной (и тоже бесплатной программе-трейсере PovRay). Такую картинку можно хоть в «Science» печатать.
Бесплатна и облегченная версия программы Web Lab Viewer известной в области молекулярного программостроения компании MSI, недавно ставшей Accelrys. Она в чем-то удобнее Swiss PDB Viewer, но не обладает столь широкой функциональностью. Обе программы работают с форматом представления белковых структур Protein Data Bank. Сам банк находится по адресу и содержит на сегодняшний день более пятнадцати тысяч экспериментальных и модельных белковых структур. Почему структура именно белков интересна в первую очередь? Об этом пишет в первой статье нашей Сover Story Илья Кашпаров. Александр Шкроб обращается к философии, не побоюсь этого слова, именно философии моделирования, а Сергей Ружейников рассказывает об Эксперименте (с большой буквы), без которого не были бы возможны все эти молекулярные модели.
Попытка поверить гармонию молекул алгеброй вычислений - не вызов природе и не насильственное проникновение в ее тайны, как по старой привычке революционеров любят представлять многие. Это попытка природную гармонию понять и через это самим стать более гармоничными. А революций на наш век хватит.