Разработка началась в 1994 году норвежским программистом Куртом Скёуэном. Он занимался разработкой операционный системы один и в марте 2000 года представил её в сети Usenet под лицензией GNU GPL. По некоторым слухам, Курт прекратил разработку AtheOS в 2002 году. Последняя версия — 0.3.7 вышла 9 октября 2001 года.